盡管石蠟包埋組織切片的制備方法已得到不斷的改良定型，但是，切片機預設的切片厚度值與組織切片的實測厚度值間的差異情況仍不能為人們所忽視，它對評判組織細胞結構的形態和化學物質 （包括抗原或抗體）有無和多少將產生影響，應引起高度的重視。

切片機預設的切片厚度刻度值與組織切片的實測厚度值之間有10%以上的差異，切片機標示厚度與實測厚度間的平均誤差為17.2%。

實驗獲得的組織切片厚度變化的研究結果表明切片機的切片厚度預設值低估了石蠟包埋組織切片的真實厚度，實驗切片機預設切片厚度與手動和自動切片厚度相差較大。

其主要原因是由于切片機作自動切片時其切片的速度恒定，石蠟包埋的組織受力均勻，而手動切片時的切片速度難以恒定，致使石蠟包埋的組織受力不均勻，切片機的使用年限越久，活動機械連接的間隙越大，產生實際切片的厚度大于或小于切片機預設切片厚度的機會越大。

如使用的切片機為全新的，則實測切片厚度均大于而不小于切片機預設切片厚度，而使用年久的手動切片機，其實測切片的厚度有不少小于切片機預設切片厚度，這與上述分析相吻合的。